Cartographie du potentiel de l'élevage de bovins

L'objectif du projet européen BOVGEN était de réaliser une carte du génome bovin pouvant par la suite être comparé ou fusionné avec des cartes antérieures sur les bovins. Une combinaison d'amorces PCR (pour polymerase chain reaction, ou réaction en chaîne par polymérase) et de marqueurs de séquence exprimée (EST pour expressed sequence tags) identifiés dans le cadre d'un projet antérieur financé par l'UE ainsi que des laboratoires en collaboration ont été utilisés pour atteindre ces objectifs.

Une technique de cartographie des radiations a été utilisée là où les distances entre les séquences étaient proportionnelles aux cassures provoquées par les rayonnements, qui, à leur tour, se rapportent à leurs distances réelles. L'avantage de cette méthodologie est que les marqueurs ne doivent pas forcément être polymorphiques tel que dans les cartes conventionnelles.

Le génome du bovin contient 29 paires d'autosomes et les habituels chromosomes sexuels X et Y; les cartes d'hybrides de radiation (RH pour radiation hybrid) ont été créées pour l'intégralité du génome. Deux cartes indépendantes ont été réalisées. La première s'est appuyée sur les EST et la longueur totale du génome ainsi que les distances entre les marqueurs ont été calculées puis comparées à l'aide de la carte de liaison MARC 2004.

Pour réaliser une autre carte à l'aide des EST, des microsatellites et des marqueurs de polymorphisme des fragments ont été placés dans la plateforme «Bead Station» Illumina, qui a produit 5000 marqueurs de différents types. Les marqueurs ont été cartographiés à l'aide de deux analyses de liaisons de points sur des ensembles de vecteurs RH déjà existants.

Les cartes réalisées peuvent être utilisées pour des comparaisons et un perfectionnement plus poussé de cartes produites grâce à d'autres techniques génétiques. Pour l'industrie du bétail, cela pourrait se traduire par une meilleure compréhension de la génétique à l'origine des caractéristiques génétiques ayant une valeur commerciale.